Pompeo'nun ordusunu yenilgiye uğratan Cesare, Pompeo'yu Mısır'a kadar kovalar. Pompeo'nun eşi Cornelia ve oğlu Sesto, Cesare'den Pompeo'yu bağışlamasını ister. Cesare bu isteğe olumlu yaklaşır. Daha sonra Mısır ordusunun komutanı Achilla gelir ve Pompeo'nun kellesini Cesare'ye sunar. Bunun üzerine Cesare dehşete düşer. Cornelia intihara kalkışır ancak Romalı subay Curio buna izin vermez ve ardından ona olan aşkını itiraf eder. Sesto babasına ihanet eden Mısır Kralı Tolomeo'dan intikam almaya kararlıdır. Cleopatra, üvey kardeşi Tolomeo'nun yerine geçip, imparatorluğun yönetimini eline almayı planlamaktadır. Achilla, Tolomeo için Cesare'yi ortadan kaldırmayı kabul eder. Yalnız bir şartı vardır, Cornelia ile evlenmek. Cleopatra, Lidia adıyla, başka bir kimlik altında kendisini Cesare'ye tanıtır ve onun kalbini kazanır. Ayrıca Sesto'nun Tolomeo'ya düzenleyeceği suikast için Sesto'ya yardım edecektir. Sesto, Tolomeo'ya meydan okur; ancak başarısızlıkla sonuçlanır. Cornelia, Achilla'yı reddedince, Tolomeo da askerlerine Sesto'yu yakalamalarını emreder ve Cornelia'yı da hareme gönderir. Cleopatra, harem ağası Nireno'dan Cesare'yi kendisine getirmesini ister. Onu 'Lidia' olarak bilen ve kendisinden oldukça etkilenmiş olan Cesare hemen Cleopatra'nın yanına gelir. Haremin bahçesinde ise Cornelia, ilk önce Achilla'nın ve daha sonra Tolomeo'nun evlenme teklifini reddeder. Nireno, Sesto'yu kurtarır ve Tolomeo'ya tuzak kurabilmesi için onu hareme getirir. Sarayın bahçesinde Cleopatra uyumakta ve Cesare de onu izlemektedir. Curio, Cesare'yi kendisine kurulan komplolara karşı uyarır. Bu sırada Cleopatra uyanır ve gerçek kimliğini açıklar. Haremde Sesto, Tolomeo'yu öldürmeye kalkışır, ancak Achilla buna engel olur. Ardından Cesare'nin sarayın camından atlayarak öldüğünü söyler ve Cornelia ile evlenmek istediğini bir kez daha belirtir. Ancak Tolomeo onun bu isteğini kabul etmez. Tolomeo'nun ordusu büyük bir zafer kazanır. Cleopatra esir düşmüştür. Cesare ise halen hayattadır. Savaşta ciddi şekilde yaralanan Achilla, Cesare'ye saraya girip Tolomeo'yu öldürmesi için kendi mührünü verir. Ölmeden evvel, Pompeo'ya yapılan suikastın kendi fikri olduğunu itiraf eder. Cesare, Cleopatra'yı kurtarır. Sarayda Sesto, Cornelia'ya tecavüz etmeye kalkışan Tolomeo'yu öldürür. Pompeo´nun intikamı alınmıştır. Cleopatra, Kraliçe olur. Cesare ile birlikte aşklarının tadını çıkarırlar.
